2002年3月，合肥市進行區(qū)劃調整，合肥市瑤海區(qū)下轄共9個街道、4個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。各鄉(xiāng)鎮(zhèn)部分村民委員會于2003年6月改建為社區(qū)居民居委會。

　　至2005年底，瑤海區(qū)下轄13個街道、2個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。

　　2007年，瑤海區(qū)轄13個街道、2個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、1個省級開發(fā)區(qū)。

　　2010年，瑤海區(qū)轄10個街道、2個鄉(xiāng)鎮(zhèn)、1個省級開發(fā)區(qū)（合肥瑤海工業(yè)園區(qū)），三個鄉(xiāng)鎮(zhèn)工業(yè)集聚區(qū)，總面積142.9平方公里。

　　2016年，瑤海區(qū)轄11個街道、大興鎮(zhèn)及1個省級開發(fā)區(qū)（龍崗綜合經濟開發(fā)區(qū)）。街道分別是：城東街道、勝利路街道、明光路街道、三里街街道、銅陵路街道、七里站街道、和平路街道、紅光街道、長淮街道、方廟街道、嘉山路街道。

　　截至2019年3月，瑤海區(qū)下轄：三里街街道、嘉山路街道、和平路街道、明光路街道、紅光街道、長淮街道、方廟街道、七里站街道、勝利路街道、銅陵路街道、城東街道、七里塘街道、三十頭街道、磨店街道；大興鎮(zhèn)。